ในปี พ.ศ. 2512 กลุ่มนักเคลื่อนไหวกลุ่มกบฏเข้ายึดเรือนจำที่มีชื่อเสียงโด่งดังที่สุดของอเมริกาเป็นเวลากว่า 19 เดือน
ตั้งแต่กลางทศวรรษที่ 1960 ชาวอเมริกันอินเดียนได้ปฏิบัติภารกิจเพื่อบุกเข้าไปในอัลคาทราซ หลังจากเรือนจำอันเลื่องชื่อถูกปิดตายในปี 2506 ชาวอเมริกันพื้นเมืองบริเวณอ่าวเริ่มวิ่งเต้นเพื่อให้เกาะแห่งนี้ได้รับการพัฒนาใหม่ในฐานะศูนย์วัฒนธรรมและโรงเรียนของอินเดีย ชาวซูห้าคนไปถึงอัลคาทราซในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2507 และพยายามยึดมันภายใต้สนธิสัญญาปี พ.ศ. 2411 ที่อนุญาตให้ชาวอินเดียนแดงครอบครองที่ดินส่วนเกินของรัฐบาลกลาง ความพยายามในช่วงต้นเหล่านี้ล้มเหลว แต่การเรียกคืน “หิน” กลายเป็นเสียงเรียกร้องของชาวอินเดีย ซึ่งหลายคนมองว่าเกาะนี้เป็นสัญลักษณ์ของความไม่แยแสของรัฐบาลต่อประชากรพื้นเมือง
เมื่อเดือนตุลาคม พ.ศ. 2512 เกิดไฟไหม้ทำลายศูนย์อเมริกันอินเดียนของซานฟรานซิสโก กลุ่มนักเคลื่อนไหวที่รู้จักกันในชื่อ “อินเดียนแดงของทุกเผ่า” ได้มุ่งเป้าหมายไปยังพื้นที่ที่ไม่ได้ใช้ที่อัลคาทราซ ผู้ประท้วงกลุ่มหนึ่งเดินทางไปยังเกาะนี้เป็นครั้งแรกเมื่อวันที่ 9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2512 ภายใต้การนำของ Richard Oakes นักศึกษาวิทยาลัยอินเดียนแดง พวกเขาอยู่เพียงคืนเดียวก่อนที่เจ้าหน้าที่จะเคลื่อนย้ายพวกเขาออกไป แต่โอ๊คส์ย้ำว่าการลงจอดเป็นการกระทำเชิงสัญลักษณ์ “หากวันหนึ่งการยึดครองโดยชายผิวขาวบนแผ่นดินอินเดียเมื่อหลายปีก่อนสร้างสิทธิของผู้บุกรุก” เขากล่าวกับ San Francisco Chronicle “การยึดครองอัลคาทราซในวันเดียวควรเป็นการสร้างสิทธิของชาวอินเดียในเกาะ”
ชาวอินเดียนแดงจากทุกเผ่าได้พยายามครั้งสุดท้ายเพื่อยึดอัลคาทราซในช่วงเช้าตรู่ของวันที่ 20 พฤศจิกายน พ.ศ. 2512 โดยครั้งนี้มีกำลังยึดครองเป็นชาย หญิง และเด็ก 89 คน หลังจากล่องเรือผ่านอ่าวซานฟรานซิสโกภายใต้ความมืดมิด ชาวอินเดียนแดงขึ้นฝั่งที่อัลคาทราซและอ้างสิทธิ์ในเกาะนี้สำหรับทุกเผ่าในอเมริกาเหนือ โดยไม่สนใจคำเตือนว่าอาชีพของพวกเขาผิดกฎหมาย พวกเขาย้ายเข้าไปอยู่ในบ้านของผู้คุมเก่าและที่พักของทหารยาม และเริ่มปรับแต่งเกาะด้วยกราฟฟิตี ข้อความปรากฏบนหอเก็บน้ำโดยอ่านว่า: “สันติภาพและเสรีภาพ ยินดีต้อนรับ. บ้านของดินแดนอินเดียเสรี” อาคารอื่น ๆ ถูกแท็กด้วยคำขวัญเช่น “พลังสีแดง” และ “คัสเตอร์ได้มา”
คำประกาศอย่างเป็นทางการครั้งแรกของชาวอินเดียต่อสาธารณชนตามมาหลังจากนั้นไม่นานในแถลงการณ์ที่ส่งถึง “พ่อผิวขาวผู้ยิ่งใหญ่และประชาชนทั้งหมดของเขา” พวกเขาระบุความตั้งใจที่จะใช้เกาะนี้สำหรับโรงเรียนอินเดีย ศูนย์วัฒนธรรม และพิพิธภัณฑ์ พวกเขาอ้างว่าอัลคาทราซเป็นของพวกเขา “โดยสิทธิ์ในการค้นพบ” แต่พวกเขาเสนอซื้อมันอย่างประชดประชันในราคา “24 ดอลลาร์ในลูกปัดแก้วและผ้าสีแดง” ซึ่งเป็นราคาเดียวกับที่ชาวอินเดียควรได้รับสำหรับเกาะแมนฮัตตัน นักเคลื่อนไหวกล่าวเสริมว่าพวกเขาไม่ได้สนใจว่าเกาะแห่งนี้ยังด้อยพัฒนาหรือขาดแคลนน้ำจืด เนื่องจากพวกเขาส่วนใหญ่เคยประสบกับสภาพที่คล้ายคลึงกันจากการถูกจองจำโดยรัฐบาลของอินเดีย
ด้วยความระแวดระวังถึงผลกระทบที่อาจมาพร้อมกับความพยายามที่จะกำจัดชาวอินเดียนแดงด้วยกำลัง รัฐบาล Nixon เลือกที่จะรอเวลาและปล่อยให้ผู้ยึดครองอยู่ตามลำพังตราบเท่าที่พวกเขายังคงสงบสุข ต่อมาเจ้าหน้าที่รัฐบาลได้เดินทางไปที่เกาะนี้หลายครั้งเพื่อเจรจา แต่ความพยายามทางการทูตของพวกเขากลับไม่เป็นผล นักเคลื่อนไหวยืนกรานว่าพวกเขาจะยอมแลกด้วยเงินเพียงเล็กน้อยสำหรับเกาะอัลคาทราซ ขณะที่สำนักงานบริการภาครัฐและหน่วยงานอื่นๆ ยืนยันว่าไม่สามารถโอนที่ดินได้
ขณะที่ทั้งสองฝ่ายโต้เถียงกัน ชาวอินเดียยังคงตั้งรกรากอยู่ในบ้านใหม่ของพวกเขา “เราทุกคนมีของที่จะมอบให้กัน” Luwana Quitquit ผู้อาศัยประจำบ้านเล่าในภายหลัง “ภราดรภาพ ความเป็นพี่น้อง” นักศึกษาและนักเคลื่อนไหวชาวอเมริกันพื้นเมืองแห่กันเข้าร่วมการประท้วง และประชากรของอัลคาทราซมักจะเพิ่มขึ้นเป็นมากกว่า 600 คน มีการจัดตั้งสภาปกครอง และในไม่ช้าเกาะแห่งนี้ก็มีคลินิก ห้องครัว แผนกประชาสัมพันธ์ และแม้กระทั่งสถานรับเลี้ยงเด็กและโรงเรียนประถมสำหรับเด็กๆ กองกำลังรักษาความปลอดภัยที่ขนานนามว่า “สำนักกิจการคอเคเชียน” (ซึ่งต่างกับ “สำนักกิจการอินเดียนแดง” ที่คนเกลียดกันมาก) ออกตรวจตราแนวชายฝั่งเพื่อเฝ้าระวังผู้บุกรุก และชาวซูชื่อจอห์น ทรูเดลล์ก็กระโดดอยู่ข้างหลังไมโครโฟนเพื่อออกอากาศการอัปเดตทางวิทยุภายใต้ แบนเนอร์ของ “Radio Free Alcatraz”
นักเคลื่อนไหวคนอื่น ๆ สนับสนุนการยึดครองโดยการขนส่งเสบียงและผู้มาเยือนจากฐานทัพบนแผ่นดินใหญ่ที่ท่าเรือ 40 ของซานฟรานซิสโก ชาวอินเดียเรียกร้องให้มีการบริจาค และภายในสิ้นปี 2512 สินค้ากระป๋อง เสื้อผ้า และเงินสดหลายพันดอลลาร์ได้หลั่งไหลมาจากผู้บริจาค ข้ามประเทศ. คนดังรวมถึง Anthony Quinn, Jane Fonda และ Merv Griffin ต่างเดินทางมาที่เกาะแห่งนี้และให้การสนับสนุน และวงร็อค Creedence Clearwater Revival ถึงกับมอบเรือให้ชาวอินเดียนแดง ซึ่งตั้งชื่อว่า “Clearwater”
ในช่วงปลายปี พ.ศ. 2512 ส่วนใหญ่ การยึดครองดำเนินไปได้ดีกว่านักเคลื่อนไหวอย่าง Richard Oakes จะจินตนาการได้ อย่างไรก็ตาม เมื่อถึงต้นปี 1970 ชีวิตบนเกาะก็เริ่มเปลี่ยนไป นักศึกษาและผู้จัดงานของขบวนการหลายคนต้องออกจากอัลคาทราซเพื่อกลับไปเรียนหนังสือ และพวกเขามักถูกแทนที่ด้วยคนเร่ร่อนที่ให้ความสำคัญกับค่าครองชีพฟรีมากกว่าการต่อสู้เพื่อสาเหตุดั้งเดิมของการประท้วง “ปัญหาใหญ่ที่สุดของเราคือช่างภาพอิสระและพวกฮิปปี้” โอ๊คส์กล่าวในตอนนั้น “พวกมันอยู่กินร้านของเรา แล้วก็จากไป จากนั้นเราต้องทำความสะอาดหลังจากพวกเขา” ยาเสพติดและแอลกอฮอล์—ซึ่งแต่เดิมห้ามบนเกาะ—ในไม่ช้าก็แพร่ระบาดอย่างเสรีในหมู่ประชากรบางกลุ่ม
